اغلب والدین نگرانی در خصوص ضعف علمی کودک و نوجوان دارند و ممکن است در زمینه کسب مهارت های مختلف قابلیت های ویژه و متمایزی داشته باشند ولی در حوزه دانش محوری ممکن است نقص هایی وجود داشته باشد. کما اینکه در کشور ایران این امر مشاهده گردیده است.  

دلیل اصلی این نگرانی بر این امر استوار است که مدارس خانگی و خصوصی رایج ممکن است برنامه ها و سیستم هدفمند مهندسی شده آموزش و مدیریت یادگیری بر اساس استاندارد های روز دنیا در نظر نگرفته اند.

اگر در انتخاب مدرسه خانگی یا آموزش در خانه توسط والدین برنامه های اصولی و سیستماتیک هدفند و یکپارچه طراحی شود و بخش دانش و مهارت و علی الخصوص یادگیری بر اساس ویژگی های فردی و براساس سبک های یادگیری لحاظ شود و به پرورش و ایجاد نگرش و طرز تفکر رشد محور توجه و اهمیت داده شود این بخش دانشی و علمی  هم مانند بخش مهارتی و پرورشی بسیار غنی خواهد شد و کودک در این روش آموزش در مدرسه خانگی کمبودی نخواهد داشت و چه بسا رشد و پیشرفت چشمگیری داشته باشد.

مطالعه بولتر (2017) که دستاوردهای تحصیلی دانش‌آموزان مدرسه‌ خانگی را با دانش‌آموزان مدرسه دولتی مقایسه می‌کند، به نظر می‌رسد که تفاوت آشکاری در پیشرفت تحصیلی کلی بین دو گروه وجود ندارد. هر دو گروه در خواندن، ریاضی، زبان نوشتاری و دانش وسیع علوم، مطالعات اجتماعی و علوم انسانی نمرات متوسط یا بالاتر از میانگین دارند. بنابراین از این منظر نگرانی وجود ندارد.

لازم به ذکر است که این تحقیق در کشور ایران نیاز به بررسی بیشتر و دقیقی دارد و تا امروز در این زمینه تحقیق و پژوهشی که به آن بتوان استناد کرد وجود ندارد.